В грозные годы Великой Отечественной войны все сокровища Оружейной палаты были эвакуированы из Москвы, а сам Кремль, к счастью, практически не пострадал. С 1955 года он вновь стал доступен для осмотра. Миллионы российских и иностранных граждан стали знакомиться с Оружейной палатой, историческими реликвиями и святынями кремлёвских храмов, а в бывшем Патриаршем дворце был открыт Музей прикладного искусства и быта России XVII века.

В 1961 году у Троицких ворот, на месте первого здания Оружейной палаты, был возведён Дворец съездов, который, как и всё, что строили в Кремле, стал символом своего времени. В огромном зале Дворца проходили съезды Коммунистической партии Советского Союза (КПСС), международные конгрессы и форумы.

В 1970–1980-х годах в Московском Кремле были проведены уникальные по составу и масштабу ремонтно-реставрационные работы.

В 1990 году Московский Кремль был включён в Список всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО. В следующем году располагавшиеся на его территории музеи были преобразованы в Государственный историко-культурный музей-заповедник «Московский Кремль», в состав которого вошли знаменитая Оружейная палата, Успенский, Архангельский, Благовещенский соборы, церковь Ризположения, Музей прикладного искусства и быта России XVII века, архитектурный ансамбль колокольни Ивана Великого.

В декабре 1991 года СССР как единое государство, включавшее пятнадцать республик, прекратил своё существование. Москва стала столицей независимой России, а древний Кремль — резиденцией президента страны.

В 1997 году Москва торжественно отметила свой 850-летний юбилей. Большие реставрационные работы прошли в Московском Кремле. Было восстановлено знаменитое Красное крыльцо Грановитой палаты, возрождены Александровский и Андреевский залы Большого Кремлёвского дворца, проведена реставрация здания Сената. В дни больших церковных праздников в соборах проходят торжественные богослужения, после долгого молчания зазвонили кремлёвские колокола. Но есть и невосполнимые утраты, память о которых также хранит эта древняя цитадель на Боровицком холме.

История формирования, развития и деятельности музейных учреждений в Московском Кремле насчитывает почти три столетия, в течение которых были периоды высоких подъёмов, бурного развития музейной и научной работы, периоды буквально героической борьбы за сохранение национальных реликвий, однако были и провалы, забвение и вновь возрождение.

История музея в Кремле, в самом сердце страны всегда была неразрывно связана с историей Российского государства. Музей-сокровищница, музей, хранящий государственные реликвии и огромные материальные ценности, всегда привлекал пристальное внимание власти. Это обстоятельство иногда благотворно, иногда трагически, но всегда активно влияло на жизнь музея.

Несмотря на интерес к истории музея, особенно проявившийся в последнее десятилетие, остаётся множество белых пятен, невыявленных фактов, необнаруженных документов. Прежде всего, это касается вопросов ведомственного подчинения музея, развития его структуры и штата, что в значительной степени определяло все сферы музейной работы и вместе с тем отражало осознание обществом значимости кремлёвской сокровищницы.

Осмысление опыта и традиций, пути, пройденного музеем, могут быть чрезвычайно важны для определения его истинного места в культуре России.

Статус музея Мастерская и Оружейная палата получает в соответствии с указом императора Александра I «О правилах управления и сохранения в порядке и целости в Мастерской и Оружейной палате ценностей» от 10 марта 1806 года. Разработкой концепции, формированием штата и проведением основных мероприятий по созданию музея руководил действительный тайный советник Пётр Степанович Валуев. Указ завершил процесс реформирования системы управления кремлёвской сокровищницей и стал поворотным пунктом в истории создания музея в Московском Кремле. Он устанавливал правила и нормы, которые позволяют говорить о том, что с этого времени Мастерская и Оружейная палата начинает развиваться как музейное учреждение со всеми присущими ему функциями.

Согласно Правилам запрещалось продавать или выдавать из музея какие-либо ценности без особого на то предписания императора. Ответственность за сохранение экспонатов, их перемещения внутри музея, розыск «достопамятностей», ранее выданных из палаты, а также ответственность за штат служащих возлагалась на главноначальствующего над Мастерской и Оружейной палатой П. С. Валуева. Музей входил в ведение Экспедиции Кремлёвского строения, которую также возглавлял Валуев. Однако в силу специфики своей деятельности музей имел своё особое Присутствие — штат чиновников, делопроизводство, финансирование.

Штат палаты состоял из главноприсутствующего (на эту должность был назначен Д. И. Киселёв), трёх непременных членов, правителя канцелярии и его помощника, секретаря и экзекутора, возглавлявшего 14 присяжных, выполнявших техническую работу и наблюдавших за сохранностью «палатских достопамятностей… во время публичных обозрений». Мастеровые, ранее составлявшие значительную часть штата палаты, были полностью выведены из него.

Специальными рескриптами императора назначались почётные члены Мастерской и Оружейной палаты. Как правило, это были известные историки, деятели культуры и коллекционеры, вносившие непосредственный вклад в изучение и комплектование коллекций музея. Среди них можно назвать Н. И. Карамзина, А. И. Мусина-Пушкина, А. Н. Оленина, П. П. Свиньина и др.