Не раз в ходе боевых действий М.В. Алексееву приходилось делать рекогносцировки под огнем противника. За проявленное мужество генерал-майор 23 ноября 1905 года был удостоен ордена Святого Станислава 1-й степени с мечами, а 23 апреля 1906 года — Золотого оружия с надписью «За храбрость». В том же году он был награжден и своей второй «звездой» — орденом Святой Анны 1-й степени.

27 сентября 1906 года генерал-майор Алексеев получил назначение на должность 1-го обер-квартирмейстера Главного управления Генерального штаба (ГУГШ). Он стал ближайшим помощником начальника ГУГШ генерала от инфантерии Ф.Ф. Палицына и, по мнению военного историка и теоретика Н.Н. Головина, «обладая громадным опытом стратегической работы и в то же время ученым стажем, представлял собою наиболее квалифицированного работника Большого Генерального штаба». На ГУГШ в то время была возложена серьезная обязанность — проанализировать ход Русско-японской войны, обобщить и учесть ее опыт в ходе планирования предстоящих кампаний.

Сослуживец и друг Алексеева генерал-лейтенант В.Е. Борисов вспоминал: «В 1907 году я встретился с Алексеевым в Главном Управлении Генерального Штаба. В это время осуществилось давнишнее стремление нашего Генерального Штаба выделиться из тяжелого плена в объятиях военно-административного Главного Штаба и отдаться всецело стратегической подготовке к будущей войне. Это удалось только после ряда поражений, испытанных нашей армией во время Японской войны. Первым нашим, независимым от военного министра, начальником Генерального Штаба был генерал Ф.Ф. Палицын. Алексеев был 1-м обер-квартирмейстером, я был 2-м. Алексеев ведал общим планом будущей войны. Я ведал развертыванием сил на западном фронте от Швеции до Румынии. Генерал Скерский был 3-м обер-квартирмейстером и ведал Кавказом и всей Азиатской Россией. Алексеев, несмотря на равное со мной и Скерским служебное положение, заменял для нас генерал-квартирмейстера (вместо бывшего им больного генерала Дубасова), так как Алексеев, состоявший до этого назначения Начальником оперативного отделения Главного Штаба, а во время Русско-Японской войны Генерал-Квартирмейстером Штаба 3-ей армии, знал ход всего стратегического делопроизводства и историю всех стратегических, организационных и военно-административных начинаний».

Однако плодотворная деятельность Михаила Васильевича в ГУГШ продолжалась недолго: 30 августа 1908 года он получил назначение на должность начальника штаба Киевского военного округа с оставлением в звании ординарного профессора Николаевской академии Генерального штаба, а 7 октября 1908 года за отличие по службе был произведен в генерал-лейтенанты. Прощаясь с подчиненным, Ф.Ф. Палицын в особом приказе подчеркнул, что «вся предшествующая служба Алексеева отмечена верным и настойчивым служением его интересам армии» и что он «всегда брал на себя львиную долю работы и стремился остаться незамеченным».

Перевод М.В. Алексеева в Киев был частью крупной реформы в армии — 13 ноября 1908 года Ф.Ф. Палицын лишился должности, ГУГШ был подчинен Военному министерству, а 2 декабря 1908 года Генштаб возглавил генерал от инфантерии В.А. Сухомлинов, относившийся к Алексееву крайне недоброжелательно (через год Сухомлинов стал военным министром).

В Киеве Михаил Васильевич прослужил четыре года. В должности начальника штаба округа он был удостоен ордена Святого Владимира 2-й степени (6 декабря 1911 года), после чего 12 июля 1912 года получил под командование 13-й армейский корпус. В его состав входили 1-я и 36-я пехотные дивизии, 2-я отдельная кавалерийская бригада, 13-й мортир-но-артиллерийский дивизион, 5-й тяжелый артиллерийский дивизион и 13-й саперный батальон. Дислоцировался корпус в родных местах генерала, на Смоленщине.

Конечно, в армии ссылки не бывает — бывает перемена места службы. Но для Алексеева, чей авторитет в Генеральном штабе в начале 1910-х годов был очень высоким, назначение в Киевский округ и 13-й армейский корпус были переводами с понижением. Тем более что буквально через десять дней после назначения Алексеева комкором произошел неприятный эпизод во время смотра на Бородинском поле — из строя вышел солдат и подал Николаю II прошение. Этим поспешили воспользоваться недоброжелатели Алексеева, обвинившие генерала в развале дисциплины в его корпусе. В вину Алексееву ставилось, в частности, то, что он ни разу не устроил церемониальный смотр своего корпуса, ссылаясь на необходимость войскам заниматься не этим «театром», а боевой подготовкой. «При крайне враждебном к нему отношении военного министра Сухомлинова и при ряде совершенно неподготовленных к своей важной задаче начальников Генерального штаба, Алексеев не мог иметь какого-либо решающего влияния в постановку общих стратегических вопросов», — с горечью констатировал в своих воспоминаниях генерал-лейтенант В.Е. Борисов.

Красноречивым примером недоброжелательного отношения к Алексееву высшего военного руководства страны служит эпизод, случившийся в марте 1914 года. Тогда освободился пост начальника Генерального штаба, и редактор журнала «Русская старина» генерал Воронов обратился к военному министру В.А. Сухомлинову:

— Все знающие русское военное дело люди просят, чтобы был назначен генерал Алексеев, который вполне этого достоин и имеет на то все права.

— Генерал Алексеев не может быть назначен, — ответил Сухомлинов.

— Почему?

— Он не знает языков. Ну как же он поедет во Францию на маневры и как он будет разговаривать с начальником французского Генерального штаба?

Ошеломленный Воронов попробовал возразить:

— Никак не полагал, что назначение начальника Генерального штаба зависит от языка…

Но Сухомлинов резко оборвал собеседника:

— Вопрос решенный! Назначение генерала Алексеева не состоится…

Тем не менее даже в такой невыигрышной для себя ситуации Алексеев находил мужество сопротивляться тем тенденциям в развитии вооруженных сил России, которые он находил неверными. Так, в феврале 1912 года на Московском совещании начальников штабов военных округов он выступил с резкой критикой плана обороны, разработанного в 1910 году полковником Ю.Н. Даниловым, сменившим Алексеева в роли 1-го квартирмейстера ГУГШ. План Данилова базировался на ложной посылке, предусматривавшей одновременное нападение на Россию Германии, Австро-Венгрии, Швеции, Румынии, Турции, Японии и Китая при нейтралитете Франции. При этом русской армии, скученной в Белоруссии, отводилась исключительно пассивная роль. Высмеяв фантастический план Данилова, Алексеев указал, что русская армия достаточно сильна, чтобы действовать наступательно, и подчеркнул, что основные силы нужно сосредоточить против Австро-Венгрии. Правоту этого взгляда подтвердила разразившаяся Первая мировая война…

С началом боевых действий, 20 июля 1914 года, только что назначенный Верховным главнокомандующим великий князь Николай Николаевич попросил у Николая II разрешения забрать к себе в Ставку Ф.Ф. Палицына в качестве начальника штаба и Алексеева — в качестве генерал-квартирмейстера. Но в этом великому князю было отказано. Вместо этого М.В. Алексеев получил другой пост — начальника штаба только что созданного Юго-Западного фронта, развернутого «на базе» хорошо знакомого военачальнику Киевского военного округа. В состав фронта вошли 3-я (командующий — генерал от инфантерии Н.В. Рузский), 4-я (командующий — генерал от инфантерии барон А.Е. фон Зальца), 5-я (командующий — генерал от кавалерии П.А. Плеве) и 8-я (командующий — генерал от кавалерии А.А. Брусилов) армии — всего 38,5 пехотных и 20,5 кавалерийских дивизий. В дальнейшем количество армий, входивших в состав фронта, неоднократно менялось. Основным противником фронта являлись вооруженные силы Австро-Венгерской империи.