На первых порах Мехлису отводилась немалая роль и в организации партизанского движения. В июле 1941 года вместе с Маленковым и секретарем ЦК КП(б) Белоруссии П. К. Пономаренко он вошел в состав созданной постановлением ЦК ВКП(б) комиссии по руководству подпольными партийными организациями и «насаждению» их в тылу противника. Непосредственное руководство партизанским движением возлагалось на военные советы и политорганы фронтов. Уже 16 июля Мехлис отдал директиву своим подчиненным на Северном, Северо-Западном, Западном, Юго-Западном и Южном фронтах «принимать активное участие в отборе людей и создании диверсионных групп и партизанских отрядов. Оказывать всемерную помощь обкомам и ЦК компартий союзных республик в вооружении этих групп и отрядов».

Военные советы и политорганы фронтов, согласно другой директиве начальника ГлавПУ от 19 августа 1941 года, должны были немедленно укомплектовать отделы по политической работе среди населения и войск Красной Армии, действовавших на оккупированной территории. Им вменялось в обязанность установить и поддерживать надежную связь с партийными и советскими органами в тылу врага, посылать туда своих представителей с руководящими функциями, издавать и распространять газеты и специальную литературу.

Наш герой занимался не только политическими аспектами партизанского и диверсионного движения в тылу противника. Так, в ноябре 1941 года он обобщал опыт организации на Северо-Западном фронте групп охотников, или истребительных отрядов. В условиях лесисто-болотистой местности они, составленные из физически хорошо подготовленных бойцов и имевшие на вооружении легкое стрелковое оружие, гранаты и мины, умело проникали в тыл врага и успешно действовали на его коммуникациях. Заместителя наркома обороны, начальника ГлавПУ интересовало, кто занимается отбором людей в эти отряды, как проходит их подготовка, чем они вооружены и т. п.

В дальнейшем высокая загруженность многочисленными делами в ГлавПУ и Наркомате обороны, частые командировки вывели Льва Захаровича из числа руководителей партизанского движения. По документам такая роль уже с конца 1941 года не прослеживается. Похожая ситуация отмечается и с исполнением обязанностей наркома госконтроля СССР.

Поднимая массы на борьбу с врагом, Мехлис и возглавляемые им органы, однако, весьма опасались проявления действительной инициативы снизу, на какие бы благие цели она ни направлялась. Это был закон существования тоталитарного государства: все должно находиться под контролем, а любая инициатива снизу — становиться результатом тщательной проработки наверху.

Начальнику ГлавПУ стало известно об одном почине на Южном фронте. Он тут же разражается телеграммой в адрес начальника ПУ фронта: «Без санкции Москвы начали сбор средств на постройку колонны танковой имени ленинско-сталинского комсомола. Эту затею сбора в рядах армии средств на постройку танков мы не поддерживаем. Энергию надо направлять на улучшение воспитания бойцов, на усиление разгрома врага, не разбрасываясь на всякого рода незаконные сборы средств. Прекратить сборы».

По аналогичному случаю потребовали ответ от начальника политотдела 4-й армии бригадного комиссара Е. Е. Кощеева. Он, казалось бы, не содержал никакого криминала: «Сбор средств на танковую колонну им. Сталина и эскадрилью им. Гастелло был начат по инициативе частей армии». Тем не менее по указанию из Москвы сбор был прекращен.

Мы погрешили бы против истины, если бы не заметили, что в иных случаях Льву Захаровичу были присущи и здравый смысл, и логика, и справедливость в оценке тех, кто работал на победу. Что ж, это лишь доказывает его неординарность.

Ему на рассмотрение попала жалоба секретаря горкома ВКП(б) г. Осташкова на самочинные действия генерал-майора A.A. Забалуева, командира 252-й стрелковой дивизии Западного фронта. В районе ст. Торопа противник нащупал разрыв в нашей обороне. Остановить его могла лишь 252-я сд, однако для этого ее требовалось быстро перебросить из второго эшелона. Дело решали несколько часов. Забалуев взял ответственность на себя и использовал подвижной состав, не дожидаясь разрешения органов военных сообщений. При этом угрожал секретарю райкома, попытавшемуся ему помешать, расстрелом.

Расследование жалобы Мехлис поручил одному из своих подчиненных, который доложил: факты, что называется, имели место. Но оперативные действия комдива позволили дивизии своевременно переправиться через Западную Двину и остановить наступление на Торопу. Резонно полагая, что победителей не судят, начальник ГлавПУ направил доклад подчиненного секретарю ЦК Андрееву. А к нему приложил следующую записку: «Посылаю результаты расследования о действиях генерал-майора Забалуева. Полагаю, что наказывать его не следует. Как смотрите?»

Такие случаи все же были скорее исключением. Правилом же выступала категоричность, безапелляционность в оценках попавших под горячую руку Мехлиса людей.

Это в полной мере ощутил на себе его заместитель армейский комиссар 2-го ранга В. Н. Борисов. Менее чем через три недели после начала войны начальник ГУПП доложил Сталину и Молотову: «11 июля с.г. я совместно с тов. Листковым (дивизионный комиссар, военком Главного управления кадров РККА. — Ю. Р.) беседовал с Борисовым В. Н. в связи с поступившими материалами о его прошлом.